El Catedrático de Historia Medieval de la Universidad de Sevilla, D. José Sánchez Herrero habla en su libro «Las diócesis del reino de León. Siglos XIV y XV», publicado en el año 1978, sobre la Muy Ilustre, Real e Imperial Cofradía del Milagroso Pendón de San Isidoro, haciendo un breve e interesante repaso histórico sobre esta antigua cofradía de la capital leonesa. Se debe su origen a la victoria alcanzada por Alfonso VII el 25 de junio de 1147 en Baeza y obtenida con el apoyo del santo, confirmado en su aparición al rey leonés. Parece que el mismo rey, juntamente con los obispos y condes presentes en tal acontecimiento, tuvieron la idea de constituir una cofradía que solemnizase el suceso y perpetuase el culto de San Isidoro.
La primitiva regla de la cofradía no ha llegado hasta nosotros, pero por su mismo título podemos deducir que mantenía un cierto matiz clasista, predominando entre sus cofrades el orden militar de caballería o la aristocracia. La primera referencia documentada hallada es de 1280. En 1331, hallándose la cofradía en estado de crisis y encontrándose el templo de San Isidoro de León «en gran peligro por la gran antigundat», su abad, don Martino, le dio un nuevo impulso, redactando unas pequeñas constituciones, en las que, al abrirla a todos los cofrades que a ella quisieran pertenecer sin distinción de categoría social, acentuaba el fin específico de cofradía para ayudar a la construcción del templo, perdurando sus otros fines y organización «segund veredes por el libro de la confraderia que es sellado con nuestros sellos», que desconocemos.
